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readRDS (file) in R

Ogni volta che provo a installare un pacchetto in R, ottengo il seguente errore: 

Error in readRDS(file) : unknown input format

Questo è appena iniziato a verificarsi dopo un arresto anomalo del sistema. Sto usando 32 bit R 2.13.0 in Windows 7. Ho provato a rimuovere e reinstallare R, ma continuo a ricevere l’errore. C’è un modo per risolvere questo problema senza cancellare tutto (cioè tutti i pacchetti che ho installato) e ricominciare da capo?

Grazie

Questi sono suggerimenti che ho trovato:

  1. Elimina i tuoi file .Rhistory e .RData nella directory in cui stai eseguendo R.
  2. Esegui update.packages()

  3. Prova a rilevare “file non validi” nelle directory della tua libreria. Puoi farlo in R 

     # List the library paths # The issue is likely to be in the first directory paths = .libPaths() ## Try and detect bad files list.files(paths, pattern = "^00LOCK*|*\\.rds$|*\\.RDS$", full.names = TRUE) ## List files of size 0 l = list.files(paths, full.names = TRUE) l[sapply(l, file.size) == 0]

    Elimina tutti i file / directory evidenziati. Potresti usare file.remove() se lo volessi davvero.

  4. Elimina la directory in cui sono stati memorizzati i pacchetti scaricati.

Solo la soluzione 3 ha funzionato per me.

Rif:

  • Mailing list R-sig-Debian
  • L’opzione 3 era una combinazione di risposte fornite da persone diverse negli ultimi anni, tra cui Chunxiao Xu, Larry Hunsicker e Frank Harrell

Esegui find /usr/local/lib/R/site-library/ /usr/lib/R/library/ /usr/lib/R/site-library/ ~/.local/lib/ -iname '*rds' -a -size 0 e quindi elimina i file trovati.

La soluzione di Chunxiao Xu e Rando Hinn sopra ha funzionato per me, con un piccolo aggiustamento.

Per prima cosa, cambia le directory nella directory del tuo pacchetto R personale, quindi esegui: find -iname ‘* rds’ -a -size 0

Elimina le directory contenenti file di lunghezza 0 nell’elenco precedente. Quindi riapri R (o RStudio) e reinstalla i pacchetti eliminati.

Ora dovresti essere in grado di elencare nuovamente i pacchetti.

Il suggerimento originale di Chunxiao Xu sopra elenca TUTTE le directory del pacchetto R. Ma le posizioni esatte di queste directory variano da installazione a installazione e i loro indirizzi dovranno essere modificati per l’installazione.

Larry Hunsicker

Qualcosa di semplice da provare: se si tratta di un file .rda, utilizzare load anziché readRDS . È quindi ansible salvare il file caricato come file .rds e provare nuovamente readRDS .

Questo è successo a me dopo che ho dovuto riavviare la mia macchina nel bel mezzo dell’installazione di diversi pacchetti R. Ho rimosso gli ultimi pacchetti installati rimuovendo fisicamente i file nella directory della libreria appropriata, reinstallandoli e tutto andava bene. Ho anche dovuto rimuovere una directory 00LOCK nella directory della libreria.

Ecco cosa dovevo fare per risolvere questo errore:

  • Apri il tuo Rstudio, vai alla scheda di installazione sotto i pacchetti
  • Nota il percorso di installazione sul percorso della libreria. (Dove il tuo pacchetto verrà salvato)
  • Vai al percorso della libreria di installazione. Elimina i pacchetti recenti
  • Aggiorna i dettagli del pacchetto in Rstudio

Potresti avere qualche problema con i pacchetti R. Verifica se il problema si è verificato dopo l’installazione di alcuni pacchetti o se hai copiato i pacchetti.

Quello che puoi fare è copiare tutti i pacchetti dalla Libreria e salvarlo da qualche parte, quindi copiare alcuni pacchetti nella Libreria e riavviare il test R e vedere come funziona devi provare con tutti i pacchetti uno per uno. Ho lo stesso problema ed era dovuto al problema del pacchetto.

Ho controllato questo problema su diversi forum e poi ho provato questo e ha funzionato per me:

1) Rimuovere prima il pacchetto ggplot2 

 remove.packages("ggplot2")

2) Installa di nuovo il pacchetto 

 install.packages("ggplot2")

3) riavviare rstudio e installare di nuovo il pacchetto, sperare che questo aiuti

Sembra che il problema fosse con il pacchetto richiesto (ggplot2 nel mio caso) ottenuto corrotto e ostacolava l’installazione di qualsiasi nuovo pacchetto dipendente.

Ho anche avuto diversi problemi nell’aprire un file .RDS, “errore di lettura dalla connessione” o “formato di input sconosciuto”. Ho provato con diverse versioni R, con la versione 3.4.2. il seguente ha funzionato: (Ho disinstallato per sbaglio rstudio e l’ho installato di nuovo, ho anche installato la versione R precedente della versione 3.4.2, non so se questo cambia qualcosa)

  1. crea una nuova directory di lavoro
  2. Ho aperto il file RDS direttamente invece di scaricarlo (quindi salvato solo in file temporanei), quindi sono stato in grado di aprirlo in R
  3. L’ho spostato dai file temporanei alla mia nuova directory di lavoro e Data_Essay_Account <- readRDS("C:/.../newdirectory/Data_Essay_Account.RDS") utilizzato il Data_Essay_Account <- readRDS("C:/.../newdirectory/Data_Essay_Account.RDS") e ha funzionato.

In qualche modo lo scaricava correttamente e quindi lo spostamento non ha funzionato, solo dopo averlo avuto nei file temporanei. L'eliminazione durissima dei pacchetti non ha funzionato per me, come ho provato inizialmente.