aggiungere il pacchetto RMySQL a R non riesce (su Windows)?

Non riesco a capire perché il mio pacchetto RMySQL non verrà installato – ecco cosa ottengo:

> install.packages('RMySQL',type='source') trying URL 'http://cran.mirrors.hoobly.com/src/contrib/RMySQL_0.7-5.tar.gz' Content type 'application/x-gzip' length 160769 bytes (157 Kb) opened URL downloaded 157 Kb * installing *source* package 'RMySQL' ... ERROR: configuration failed for package 'RMySQL' * removing 'C:/PROGRA~1/R/R-212~1.0/library/RMySQL' The downloaded packages are in '(foo)' Warning message: In install.packages("RMySQL", type = "source") : installation of package 'RMySQL' had non-zero exit status 

Non penso che sia un problema con l’installazione di MySQL, poiché i valori corretti sembrano essere nel registro:

 > Sys.getenv('MYSQL_HOME') MYSQL_HOME "C:/PROGRA~1/MySQL/MYSQLS~1.1/" > readRegistry("SOFTWARE\\MySQL AB", hive="HLM", maxdepth=2) $`MySQL Server 5.1` $`MySQL Server 5.1`$DataLocation [1] "C:\\Documents and Settings\\All Users\\Application Data\\MySQL\\MySQL Server 5.1\\" $`MySQL Server 5.1`$FoundExistingDataDir [1] "0" $`MySQL Server 5.1`$Location [1] "C:\\Program Files\\MySQL\\MySQL Server 5.1\\" $`MySQL Server 5.1`$Version [1] "5.1.54" 

Perplesso. Qualsiasi aiuto sarebbe molto apprezzato!

Il processo di base è descritto qui , ma ci sono diversi suggerimenti, quindi descriverò l’intera soluzione (per favore cambia la versione R e i percorsi se necessario) :

  1. Installa gli ultimi RTools da qui
  2. installa MySQL o i file header e library di mysql
  3. crea o modifica il file C:\Program Files\R\R-2.12.1\etc\Renviron.site e aggiungi linea come MYSQL_HOME=C:/mysql (percorso ai tuoi file mysql)
  4. copia libmysql.lib da mysql / lib a mysql / lib / opt per soddisfare le dipendenze.
  5. copiare libmysql.dll in C:\Program Files\R\R-2.12.1\bin o nella directory windows/system32 .
  6. esegui install.packages('RMySQL',type='source') e attendi che la compilazione finisca.

Questo ha funzionato per me su Windows 7 a 64 bit, quindi non ci dovrebbero essere problemi con le versioni a 32 bit

Inizialmente pubblicato qui (domanda simile).

Per prima cosa proverei a seguire le indicazioni su questa pagina: http://biostat.mc.vanderbilt.edu/wiki/Main/RMySQL

Quindi, assicurati di avere un client MySQL sul tuo computer, non solo il server stesso. Ho avuto un problema io stesso dove ho dovuto usare un vecchio binario per il client, ma puoi scaricarli dal sito mysql.

Ho creato un file binario che potrebbe funzionare per le persone:

http://kenahoo.blogspot.com/2011/09/rmysql-binary-for-windows-7.html

Fondamentalmente ho seguito tutte queste indicazioni, incluse quelle nella pagina Vanderbilt, ma per una ragione o per l’altra non sembra sempre funzionare. Comunque, spero che questo possa essere utile per le persone che hanno le stesse versioni di cose che ho usato.

Stavo avendo lo stesso problema su Windows 7 con R 2.12.1 x64 e risolto da:

  1. Cambiare la directory R nella mia variabile PATH in C:\Program Files\R\R-2.12.1\bin\x64 (anziché solo ...\R-2.12.1\bin ).
  2. Copia in corso ...\MySQL Server 5.5\lib\libmysql.dll in ...\MySQL Server 5.5\bin\ .
  3. Esecuzione di R CMD INSTALL RMySQL_0.7-5.tar.gz in cmd.exe ( install.packages('RMySQL',type='source') in R non funzionerebbe ancora).

Mi sono imbattuto in questa guida dettagliata per installare RMySQL su Windows7 a 64 bit.

http://www.ahschulz.de/2013/07/23/installing-rmysql-under-windows/

I software che ho usato sono:

  1. Sistema operativo Windows 8
  2. R3.0.2 – 64 bit
  3. Rtools 3.1
  4. MySQL Server Community Edition 5.6 – 64 bit

Seguendo la guida di cui sopra (con gli screenshot forniti), la mia installazione e il caricamento del pacchetto RMySQL funzionano.

Mille grazie a Arne Hendrik Schulz!

Come diceva Marek. Non ci sono binari di Windows per questo pacchetto. Ho avuto problemi simili sul mio Mac quando ho provato ad installare RPostgreSQL (perché non c’è binario per Mac) alla fine ho dovuto compilarlo da solo e modificare diversi file.

Per la parte di MySQL (se non sai molto su MySQL), potresti voler usare WAMP che è certamente più del necessario, ma facile da installare e da avviare e chiudere.

Per alcuni suggerimenti di compilazione potresti essere interessato a Rtools

HTH

A proposito: che tipo di windows si esegue (sry, se mi è sfuggito)

Tuttavia, al momento esiste un requisito aggiuntivo (con la versione 5.5 e R2.12.1 del server MySQL) seguire le istruzioni http: //biostat.mc.vanderbilt.edu/wiki/Main/RMySQL al momento come le posizioni del libmySQL.dll differisce da quanto previsto nel pacchetto.

cioè per la compilazione a 64 bit. si aspetta che libmySQL.dll sia in “$ {MYSQL_HOME}” / bin / libmySQL.dll, quindi copiare semplicemente la DLL nella directory / bin e verrà compilata.

per la compilazione a 32 bit. il libmySQL.lib è atteso in “$ {MYSQL_HOME}” / lib / opt / libmysql.lib spostando nuovamente questo dovrebbe risolvere il problema.

In alternativa, se non vuoi o non puoi spostare questi file. Quindi puoi modificare i file del codice sorgente: Makevars.win Makevars.win32 Makevars.win64 puntando appropriatamente su /lib/libmysql.dll /lib/libmysql.lib

Aggiungi la directory MySQL e RTools al PERCORSO!

Ecco il mio PERCORSO ; ~blah~;C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.5\bin;c:\rtools\bin;C:\Rtools\gcc-4.6.3\bin; ; ~blah~;C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.5\bin;c:\rtools\bin;C:\Rtools\gcc-4.6.3\bin;

Stavo lavorando per gli ultimi 2 giorni su Installazione di R con pacchetto RMySQL, finalmente ho ottenuto la soluzione per questo, ecco i passaggi per installare il pacchetto RMySQL: –

  1. SCARICARE IL SOFTWARE DAL SEGUENTE LINK: * a. R2.13.2: Scarica R da http://cran.stat.sfu.ca/index.html

      b. RTools 214: Download RTools from http://cran.cict.fr c. RMySQL 0.8-0.tar.gz: Download RMySQL from http://biostat.mc.vanderbilt.edu/wiki/main/RMySQL/RMySQL_0.8-0.tar.gz d. MySQL Server 5.0: download it from http://dev.mysql.com e. RSTUDIO (optional): download it from http://rstudio.org* 
  2. IMPOSTARE LE SEGUENTI VARIABILI AMBIENTALI

      * a. MYSQL_HOME : /path to MySQL installation folder eg MYSQL_HOME= C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.5\ b. R_HOME: /path to R installation eg R_HOME=C:\Program Files\R\R-2.13.2\ c. PATH: Modify path to accommodate the above variables. * 

    Assicurarsi che i seguenti percorsi siano inclusi nella variabile PATH di Windows: \ Rtools \ 2.14 \ bin \ Rtools \ 2.14 \ MinGW \ bin \ Rtools \ 2.14 \ MinGW64 \ bin

  3. CREA CARTELLA E COPIA FILE

    un. OPT: crea una cartella OPT in C: \ Programmi \ MySQL \ MySQL Server 5.5 \ lib e copia
    MYSQLLIB.LIB il percorso sopra. Copiare anche libmysql.dll in \\ R \ R-2.14.0 \ bin \ (64 bit) o ​​\\ R \ R-2.14.0 \ bin \ i386 \ (32 bit) e in C: \ Windows \ System32.

b. Renviron.site: crea o modifica un file \\ R \ R-2.14.0 \ etc \ Renviron.site e aggiungi una riga: MYSQL_HOME = “C: / Programmi / MySQL / MySQL Server 5.5 /” NB: USE FORWARD SLASH E DOPPIE QUOTE QUI

c. libMySQL.dll: copia questo file in C: \ Programmi \ R \ R-2.13.2 \ bin \ i386 e C: \ Programmi \ R \ R-2.13.2 \ bin

  1. COMANDI CORRATI

    un. Install.Packages: Esegui la GUI R facendo clic sull’icona R sul desktop o dal menu Start. Digitare INSTALL.PACKAGES (“RMySQL”, type = “Sources”). Questo scaricherà il software richiesto dai repository.

b. Prompt dei comandi: copia il file zip scaricato (nel passaggio 4.a.) e incollalo nella cartella di installazione R. Vai al menu Start e apri il prompt dei comandi. Vai alla cartella di installazione R e digita R CMD INSTALL RMySQL_0.8-0.tar.gz

  *COMMANDS: >library(RMySQL) >drv = dbDriver("MySQL") >con = dbConnect(drv,host="localhost",dbname="test",user="root",pass="root") >album = dbGetQuery(con,statement="select * from t_master") >album* 

18 mesi dopo, nuovo laptop, lo stesso problema. Tornando alla scena del crimine, mi dispiace gennaio 2011; siamo nel futuro, e questa installazione non è ancora divertente.

Lezioni imparate:

Gli RTools aggiornati sono essenziali . Prendili.

-Si vede un errore sulla .onLoad failed in loadNamespace() for 'RMySQL', details di .onLoad failed in loadNamespace() for 'RMySQL', details ? Questo sembra significare che c’è un problema con le variabili di ambiente del sistema.

In R, corri

 Sys.getenv('MYSQL_HOME') 

Se sputa un percorso come

  [1] "C:\\Program Files\\MySQL\\MySQL Server 5.6" 

sei bravo. Ma se ti dà una stringa vuota, devi impostarla.

Queste sono tutte le direzioni di Windows 7, ma il processo è abbastanza simile in XP, se la memoria serve.

1) Apri Proprietà del sistema> Avanzate> Variabili d’ambiente.

2) Nel riquadro inferiore “Variabili di sistema”, fare clic su “Nuovo”.

3) Il nome della variabile è MYSQL_HOME e il valore è qualunque sia il percorso della tua installazione MySQL – il mio era C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.6

Le versioni più recenti di MySQL non sembrano creare una variabile d’ambiente al momento dell’installazione – questo e la mancanza di binari per RMySQL spiegano perché queste domande hanno raccolto 8000 hit.

-Ancora bloccato? Ecco due ulteriori approfondimenti: 1 , 2

In seguito ha lavorato per me con Red Hat Linux

 wget http://cran.r-project.org/src/contrib/RMySQL_0.9-3.tar.gz sudo R CMD INSTALL --configure-args='--with-mysql-inc=/usr/include/mysql' --configure-args='--with-mysql-lib=/usr/lib64/mysql' RMySQL_0.9-3.tar.gz